1960年我校在全国中医院校中最早建立针灸专业；1974年建立针灸推拿伤科专业；1978年建立针灸推拿系；1982年在全国最早实行针灸、推拿独立招生，建立针灸系和推拿系；1998年成立针灸推拿学院。
作为全国最早建立的针灸推拿本科及研究生教育基地，拥有国家中医药管理局重点学科、上海市教委重点学科的学院，秉承学校“不重其大重其优；不重其全重其特；不重其名重其实”的办学理念，坚持“研究教学型、特色型、外向型”的办学定位，为社会培养针灸推拿专业人才。
学院拥有丰富的教学资源和文化底蕴，教学特色明显。拥有国家级教学团队，国家级精品课程、视频公开课、资源共享课，上海市精品课程，上海市高校全英语示范课程，上海市外国留学生英语授课示范性课程；上海市教学名师；在国家级规划教材主编方面，获国家级规划教材、上海市级优秀教材；获上海市教学成果二等奖、三等奖。作为我校对外交流的重要窗口，每年都有教师赴东南亚、欧美等国家和地区讲学交流以及医疗合作，接待国外学者和团体的访问交流。
学院坚持以高层次、多学科交叉结合的发展思路，积极与复旦大学、上海交通大学、中科院上海技术物理研究所、华山医院手外科研究所以及美国马里兰大学、德国美因兹大学、香港大学、香港中文大学等国内外综合性大学和科研院所合作，开展科学研究和人才培养的良性流动，不断推动着教学科研水平的提高和学科建设的发展。在针灸经络基础、临床研究和针灸推拿诊疗技术的客观化、标准化研究等方面取得了较好成绩，先后获得多项国家教育部、卫生部、国家中医药管理局和上海市科技进步奖。
经过不断建设和努力，已经形成符合自身发展规律和国际化发展趋势的针灸推拿人才培养的体系，在学科建设、科研水平、人才队伍建设等方面有了长足发展，处于全国同类专业的前列。